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2018年自然資源部成立后，鐘自然任自然資源部黨組成員，中國地質調查局局長、黨組書記。直至2022年9月卸任。今年1月2日，即2024年首個工作日，其官宣被查。
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依據有關規定，經中央紀委常委會會議研究并報中共中央批準，決定給予鐘自然開除黨籍處分；按規定取消其享受的待遇；收繳其違紀違法所得；將其涉嫌犯罪問題移送檢察機關依法審查起訴，所涉財物一并移送。
香港澳門歷史紀錄片6月21日，中央紀委國家監委發布消息，自然資源部原黨組成員，中國地質調查局原黨組書記、局長鐘自然被開除黨籍，涉嫌受賄、故意泄露國家秘密犯罪問題移送檢察機關依法審查起訴。
