2018年自然資源部成立后，鐘自然任自然資源部黨組成員，中國地質調查局局長、黨組書記。直至2022年9月卸任。今年1月2日，即2024年首個工作日，其官宣被查。
鐘自然嚴重違反黨的政治紀律、組織紀律、廉潔紀律和生活紀律，構成嚴重職務違法并涉嫌受賄、故意泄露國家秘密犯罪，且在黨的十八大后不收斂、不收手，性質嚴重，影響惡劣，應予嚴肅處理。中寶論壇內部資料
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